Главная страница
qrcode

Лабораторная работа 11 Освоение навыков работы в Базе Данных brenda


Скачать 191.13 Kb.
НазваниеЛабораторная работа 11 Освоение навыков работы в Базе Данных brenda
Дата16.09.2021
Размер191.13 Kb.
Формат файлаpdf
Имя файлаЛабораторная работа 11.pdf
оригинальный pdf просмотр
ТипЛабораторная работа
#47824
Каталог
Лабораторная работа №11
Освоение навыков работы в Базе Данных BRENDA
Цель работы: проанализировать структуру базу данных BRENDA, найти информацию по белку MMP-13, сделать выводы.
Ход работы
BRENDA – это база данных, ориентированная на ферменты всякого рода у различных представителей таксономический групп. Как и Википедия, доступна для редактирования (только для коммерческих пользователей).
Согласно введению на сайте, BRENDA не является справочником, хотя разработчики попытались придать базе данных удобный для восприятия вид.
Данные постоянно меняются, добавляются и дополняются. Ферменты кодифицируются согласно Enzyme Commission, существуют разные ранги ферментов (зависит от степени изученности).
Предметом исследования данной лабораторной – MMP-13.
Рисунок 1. Возможные настройки. Для изучения MMP-13 применен поиск по умолчанию во всех возможных разделах.
Поиск имеет большой потенциал для настройки – найти возможно ферменты даже по окончанию названия.
Рисунок 2. Результаты поиска.
Полученные результаты – данные в категории «Лиганды» и
«Наименования ферментов».

Рисунок 3. Ссылка на лиганд – прометаллопептидазу-13, а также код, полученный от Enzyme Commission.
Рисунок 4. Страница с кодом EC.
На данном этапе можно найти список связанных с поисковым запросом тэгов (облако справа). Видно, что это фермент, работающий в гиалиновых хрящевых тканях.
Древо слева сверху позволяет оценить тип фермента, его классификацию. Синее окно предназначено для параметров поисков. Можно, к примеру, вывести информацию по MMP-13 вида Bos Taurus.
Как только вид детерминирован, появляется массив таблиц с различными ссылками. Из них можно узнать:
1. Синонимы;
2. Тип реакции;
3. Номер регистрации CAS;
4. Субстрат и результаты реакции;
5. Ингибиторы;
6. Интерлейкины;
7. Оптимальный уровень рH;
8. Ткань, в которой действует фермент;
9. Локализация в клетке;
10. Экспрессия;
11. Применение;
12. Ссылки в научных публикациях (журналы и прочее).
Вывод
База данных очень полезна для отслеживания свойств ферментов, она заточена именно под них. Если перед исследователем стоит задача найти какой-то фермент с заданными свойствами, BRENDA – оптимальное решение.

перейти в каталог файлов


связь с админом